پپتیدهای مربوط به ملانوتان-II عمدتاً شامل سایر آنالوگ‌های هورمون محرک ملانوسیت-می‌شوند. به عنوان مثال، Melanotan-I یک توالی اسید آمینه مشابه با Melanotan-II دارد، اما از نظر ساختاری متفاوت است. فعالیت نسبتاً کمتر و پایداری ضعیف‌تری در داخل بدن نشان می‌دهد. مطالعات تطبیقی ​​در مورد ساختار و فعالیت ملانوتان-I و ملانوتان-II به روشن شدن عوامل کلیدی مؤثر بر فعالیت و پایداری این دسته از پپتیدها کمک می‌کند، و مبنایی نظری برای بهینه‌سازی بیشتر و توسعه ملانوسیت‌های جدید{8}}آنالوگ‌های هورمونی محرک فراهم می‌کند.

علاوه بر این، آنالوگ های پپتیدی وجود دارد که از تغییرات در ساختار ملانوتان-II مشتق شده است. هدف دانشمندان افزایش فعالیت، بهبود پایداری، یا افزایش ویژگی هدف‌گیری با تغییر توالی اسیدهای آمینه، اصلاح گروه‌های عاملی یا ترکیب سایر مولکول‌های عملکردی است. به عنوان مثال می‌توان به ترکیب-توالی‌های پپتیدی نفوذی سلولی در ملانوتان-II برای تسهیل ورود و عملکرد مؤثرتر سلولی، یا تغییر شیمیایی اسیدهای آمینه خاص برای افزایش نیمه عمر پپتید در داخل بدن- اشاره کرد. تحقیق در مورد این پپتیدهای مرتبط برای گسترش دامنه کاربردهای Melanotan-II و توسعه عوامل درمانی مؤثرتر قابل توجه است.